协议被取而代之后果，主要取决于新协议与原协议的关系、新协议的效力以及双方当事人的意愿和行动。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

1. 新协议有效且完全替代原协议

   • 后果：如果新协议是双方真实意思表示，内容合法，且已经生效，那么它将完全替代原协议。原协议中的权利义务关系将按照新协议的约定执行，原协议中与新协议相冲突的部分将不再具有法律效力。
   • 建议：在签订新协议时，应确保双方对新协议的内容有充分了解，并明确新协议将替代原协议。同时，建议保留原协议的副本，以备不时之需。

2. 新协议部分替代原协议

   • 后果：如果新协议只是部分替代了原协议，那么原协议中未被替代的部分仍然有效。双方应按照新协议和原协议中未被替代的部分共同履行义务。
   • 建议：在签订新协议时，应明确新协议与原协议的关系，以及哪些部分被替代，哪些部分仍然有效。这有助于避免后续纠纷。

3. 新协议无效或被撤销

   • 后果：如果新协议因违反法律、行政法规的强制性规定或存在其他无效情形而被认定为无效，或者因欺诈、胁迫等原因被撤销，那么原协议将恢复其法律效力（如果原协议本身有效且未被撤销或终止）。此时，双方应按照原协议的约定履行义务。
   • 建议：在签订新协议前，应确保新协议的内容合法合规，不存在无效或可撤销的情形。如果新协议被认定为无效或被撤销，应及时与对方协商，按照原协议或法律规定处理后续事宜。

4. 双方未就新协议达成一致

   • 后果：如果双方未就新协议达成一致，或者新协议未生效，那么原协议将继续有效。双方应继续按照原协议的约定履行义务。
   • 建议：在协商新协议时，应确保双方对新协议的内容有充分沟通，并尽量达成一致。如果无法达成一致，应尊重原协议的约定，继续履行义务。

5. 涉及第三方利益的情况

   • 后果：如果协议被取而代之涉及第三方利益（如担保人、共同债务人等），那么新协议的签订和生效可能会影响第三方的权益。此时，应确保第三方的权益得到妥善保护，或者与第三方协商达成一致。
   • 建议：在涉及第三方利益的协议变更中，应提前与第三方沟通，并确保其权益不受损害。如果可能，应与第三方签订补充协议或变更协议，明确各方的权利义务关系。

综上所述，协议被取而代之后果因具体情况而异。在处理此类问题时，应仔细分析新协议与原协议的关系、新协议的效力以及双方当事人的意愿和行动。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。