当有限公司股东损害了公司利益时，为维护公司的合法权益，可以采取以下综合措施：
一、确认股东损害行为并收集证据
首先，必须确切证实股东的行为是否损害了公司利益。这一过程至关重要，因为后续的法律行动均需基于充分且确凿的证据。证据的收集应全面、细致，包括但不限于财务报告、交易记录、通信记录等，以确保在法律程序中能够有力证明股东的不当行为。
二、公司内部救济途径
协商解决：
- 在掌握证据后，可优先尝试与问题股东进行协商，要求其停止损害行为，并对已造成的损失进行赔偿。这种方式有助于保持公司内部和谐，避免法律纠纷的公开化。
股东会或股东大会决议：
- 根据公司章程规定，召集股东会或股东大会，对股东的损害行为进行审议和表决。可根据决议要求股东改正、赔偿损失，甚至在符合法定条件和程序的情况下解除其股东资格。
监事会或监事监督：
- 监事会或监事应发挥监督作用，对发现的股东损害行为进行调查，并向股东会或股东大会报告，提出处理建议。这有助于及时纠正不当行为，保护公司和股东的整体利益。
三、法律诉讼途径
公司作为原告提起诉讼：
- 若股东行为直接侵害公司权益，公司可直接向人民法院提起诉讼，要求股东承担民事责任，如赔偿损失、停止侵害等。
- 若公司无法自行提起诉讼，符合法定条件的股东可以代表公司提起诉讼，即派生诉讼（股东代表诉讼），要求损害公司利益的股东承担赔偿责任。
其他股东提起诉讼：
- 若股东行为同时损害了其他股东的合法权益，受损害的股东有权以自己的名义向人民法院提起诉讼，要求该股东承担相应的民事责任。
四、向监管机构举报与刑事报案
- 若股东行为涉嫌违反证券法律法规或其他相关法规，可向证监会或其他相关监管机构举报，请求其进行调查并采取监管措施。
- 若股东行为构成犯罪，如挪用资金、职务侵占等，应向公安机关报案，由公安机关依法进行调查和处理。
五、加强内部管理和监督机制
- 为预防类似事件再次发生，公司应加强内部治理，明确各职位的职责和权限，制定严格的内部控制制度，规范财务和业务操作。
- 加强内部审计和监督，及时发现并纠正可能存在的问题，确保公司运营的合规性和透明度。
在采取上述措施时，公司应确保每一步行动都基于充分的证据和法律依据，确保措施的合法性和有效性。同时，公司也应考虑咨询专业律师的意见，以制定更为周全和有效的应对策略。如有任何法律问题，欢迎直接向我咨询。