针对您提出的“违法主体注册地与生产地不一致如何管辖”的问题，这确实是一个在法律实践中较为常见且需要细致分析的情况。以下是我对此问题的详细解答：
首先，我们需要明确的是，在法律上，公司的注册地和实际经营地（或主要办事机构所在地）并不总是完全一致的。当这两者出现不一致时，管辖权的确定就需要依据相关的法律规定和合同约定来进行。
一、合同约定管辖优先
在大多数情况下，如果合同双方当事人在合同中明确约定了发生纠纷时的管辖法院，那么这种约定通常是优先适用的。这种约定被称为“管辖权条款”或“选择法院条款”，它体现了合同双方当事人的意思自治。只要这种约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，就是有效的。因此，在违法主体注册地与生产地不一致的情况下，如果合同中有明确的管辖权条款，那么应当按照该条款来确定管辖法院。
二、一般管辖原则
当合同中没有约定管辖法院，或者约定的管辖法院无效时，就需要适用一般管辖原则来确定管辖法院。根据《中华人民共和国民事诉讼法》等相关法律规定，一般管辖原则通常是以被告住所地或者合同履行地的人民法院为管辖法院。而被告住所地的确定，则依据《中华人民共和国公司法》的相关规定，即公司以其主要办事机构所在地为住所。如果公司的主要办事机构所在地不能确定，或者公司与实际经营地不一致，那么通常以公司注册地或登记地为住所地。
三、特殊情况的处理
在您提到的违法主体注册地与生产地不一致的情况下，如果违法主体在合同中提供了注册地作为相关地址（如收款账户地址、账户税务地址等），并且从未告知合同相对方其实际经营地已发生变动，那么在发生纠纷时，合同相对方有权依据合同中载明的注册地信息向相关人民法院提起诉讼。此时，即使违法主体主张其实际经营地已发生变动，但如果该变动未在合同中体现，且未告知合同相对方，那么法院可能会驳回违法主体提出的管辖权异议。
四、实际操作建议
综上所述，违法主体注册地与生产地不一致时的管辖权确定，需要依据合同约定和法律规定来进行。在签订合同时应明确约定管辖法院，并在合同履行过程中保持信息的及时更新和沟通。在发生纠纷时，应依据合同约定和法律规定选择正确的管辖法院提起诉讼。