教育机构欠款1000元是可以立案的。以下是对此问题的详细分析：

1. 立案条件：

   • 民事诉讼立案需要满足一定的条件，包括有明确的被告、具体的诉讼请求与事实理由，且诉讼标的额不低于法院规定的数额（一般为50元或100元等）。对于欠款纠纷而言，只要拥有相关借款凭证等证据，能证实存在欠款事实，便可向法院提起诉讼。
   • 在您的情况下，教育机构作为被告，欠款1000元作为具体的诉讼请求，且您若能提供相关证据（如合同、转账记录、聊天记录等）证明欠款事实，那么就满足了立案的基本条件。

2. 小额诉讼程序：

   • 各地法院对小额诉讼的标的额规定不同，大多在数千元以下。若该案件符合当地小额诉讼标的额规定，将适用一审终审制，审判程序相对简单，可以更快地解决纠纷。

3. 诉讼流程：

   • 若决定起诉，您需要准备好起诉状及相关证据材料，向有管辖权的法院提起诉讼。
   • 法院受理后，会安排开庭审理，双方在庭审中进行举证、质证和辩论。
   • 若判决生效后对方仍不还钱，您可以申请强制执行。

4. 注意事项：

   • 诉讼过程需要投入时间和精力，并可能产生诉讼费用。因此，在决定起诉前，应权衡利弊，考虑是否值得通过法律途径解决纠纷。
   • 在提起诉讼之前，建议首先尝试与对方进行协商或寻求调解，以寻求更为便捷、经济的解决方案。
   • 决定起诉前，务必收集并妥善保存所有相关证据，以支持自己的诉讼请求。

综上所述，教育机构欠款1000元在满足民事诉讼立案条件的情况下是可以立案的。然而，在实际操作中，还需根据具体案件情况和法律规定来判断。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。