当转让协议无效时，应采取以下措施来妥善处理：
恢复原状：
- 转让协议无效后，首要任务是恢复双方到协议签订前的状态。这意味着转让方需要将受让方已支付的转让款等财产如数返还，受让方则需要将基于该协议取得的财产（如股权、厂房等）返还给转让方。例如，若受让方已支付了100万元的转让款，转让方就应将这100万元退还给受让方，同时受让方需将取得的股权或厂房等返还给转让方。
过错赔偿：
- 若因协议无效给对方造成了损失，有过错的一方要承担赔偿责任。若双方都存在过错，则各自承担相应责任。在确定过错及赔偿范围时，需具体分析各方行为及造成的后果。例如，转让方故意隐瞒重要事实（如公司重大债务、厂房重大瑕疵等）致使协议无效，那么转让方应承担主要赔偿责任；而受让方在签订协议时若未尽到审慎核查义务，也可能需承担一定责任。
折价补偿：
- 对于因该协议取得的财产，如果无法返还或者没必要返还（如受让方已对厂房投入大量资金进行改造，无法再原样返还），则需要进行折价补偿。补偿金额应按照合理的价格确定，以确保双方的权益得到公平保障。
追缴财产：
- 若双方恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益致使协议无效，那么应追缴双方取得的财产。若损害国家、集体利益，财产收归国家、集体所有；若损害第三人利益，则返还给第三人。
解决争议：
- 合同无效并不影响合同中独立存在的有关解决争议方法的条款的效力。若协议里有仲裁或诉讼管辖的约定，后续纠纷仍可依据这些约定来解决。双方可先尝试协商解决争议，协商不成的，可依法向有管辖权的人民法院提起诉讼，由法院依据事实和法律作出公正裁决。
在处理转让协议无效的问题时，建议双方保持冷静和理性，通过合法途径来维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。