一个法人的两家单位是可以合作的。在法律上，法人是一个独立的法律实体，而法定代表人则是代表法人行使职权的自然人。因此，即使两家单位拥有同一个法定代表人，它们仍然是两个独立的法律实体，可以依法进行合作。
合作的可能性与依据
法律独立性：
- 两家单位虽然可能拥有同一个法定代表人，但它们在法律上是独立的。这意味着它们可以各自承担责任、享有权利，并依法进行各种商业活动，包括合作。
合作形式：
- 两家单位可以通过签订合作协议、建立联合体、进行项目合作等多种形式进行合作。这些合作形式在法律上都是被允许的，只要它们不违反法律法规的强制性规定。
注意事项：
- 在进行合作时，两家单位应当明确各自的权利和义务，确保合作协议的合法性和有效性。
- 同时，它们也应当遵守相关的商业道德和行业规范，避免因合作而引发不必要的法律纠纷。
特殊情况下的考虑
- 虽然两家单位可以合作，但在某些特殊情况下，如涉及政府采购等公共领域，可能需要遵守特定的规定和限制。例如，在政府采购中，如果两家单位被视为具有关联关系（如拥有同一个法定代表人），则可能需要在投标时进行特别说明或遵循特定的程序。
结论与建议
综上所述，一个法人的两家单位是可以合作的。在进行合作时，它们应当确保合作协议的合法性和有效性，并遵守相关的法律法规和商业道德。如果有任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。我作为周定国律师，擅长处理公司法务（经营管理/上市）相关的问题，欢迎随时向我提问。