在建设工程施工合同纠纷中，关于以实际履行的合同为准还是备案的合同为准的问题，需结合工程性质、合同内容一致性及相关法律法规进行综合判断。以下是我的详细解答：

1. 对于必须招投标的公共工程：

   • 法律依据：根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》及《招标投标法》的相关规定，公共工程涉及国家公共利益，当事人订立“阴阳合同”极易扰乱社会经济秩序和损害社会公共利益。
   • 处理原则：对于此类工程，应当以备案的施工合同为准。这是因为备案合同是经过公开招投标程序确定的，具有更高的法律效力和公信力。若两份合同在内容上存在实质性不一致，备案合同将作为结算工程价款的根据。

2. 对于非公共工程或未涉及必须招投标的情形：

   • 法律依据：如果建设工程不属于依法必须进行招标的项目，那么当事人之间签订的实际施工合同只要不违反法律法规的强制性规定，就是有效的。
   • 处理原则：在非公共工程或未涉及必须招投标的情形下，一般应以实际施工合同为准，前提是该合同必须依法成立并生效。若两份合同内容一致，则两者都具有法律效力，且效力相同。

3. 特殊情况处理：

   • 存在法定无效情形：如果备案的施工合同是为了应付监管或其他非真实目的而签订的，即双方并没有真正按照该合同履行的意思，而实际施工合同才是双方真实的意思表示，那么备案合同可能会被认定为无效。此时，应以实际施工合同为准，但需要有充分的证据来证明备案合同的虚假性和实际合同的真实性。
   • 私下变更合同：在司法实践中，如果双方签订的两份合同版本相同，但私下对备案合同进行了变更，并且这种变更体现了双方的真实意思，那么在处理纠纷时，法院可能会根据实际情况和证据来综合判断哪份合同更能反映双方的真实意图，并据此作出裁决。

4. 《民法典》施行后的变化：

   • 法律规定：自《民法典》施行后，法律更注重尊重当事人基于招投标程序所达成的真实意思表示，即中标合同成为确定权利义务的主要依据。若备案合同与中标合同内容一致，则备案合同同样可作为确定双方权利义务的依据。

综上所述，建设工程施工合同以实际履行的合同为准还是备案的合同为准，需根据具体工程性质、合同内容一致性以及司法实践中的特殊情况来综合判断。在实际操作中，建议项目参与方应重点关注中标合同的签订与履行，确保其真实、合法、有效。同时，也应按照相关法律法规的要求及时办理合同备案手续，以满足工程项目管理的需要并维护自身合法权益。如有任何法律问题，可直接向我咨询。