申请人与第三人签订的执行和解协议一般无效。以下从法律基础、有效性条件、无效情形等方面进行详细分析：
一、法律基础与性质
执行和解协议的本质是民事合同，其效力受《中华人民共和国民法典》和《中华人民共和国民事诉讼法》调整。根据相关法律规定，执行和解协议只能由申请执行人与被执行人签订，这是其合法性的前提。
二、有效性条件
主体适格性：
- 执行和解协议的主体应为申请执行人与被执行人。第三人若非与执行案件有直接利害关系（如债务承担、代履行等），且未经申请执行人同意，一般不能作为协议的一方。
意思表示真实：
- 协议签署应不存在欺诈、胁迫等瑕疵。申请人与第三人签订协议时，若存在上述情形，可能导致协议无效或可撤销。
内容合法性：
- 协议内容不得违反法律强制性规定或公序良俗。若约定以非法手段清偿债务等条款，将导致协议无效。
三、无效情形
恶意串通：
- 申请人与第三人若恶意串通，虚构债务或转移财产以逃避执行，损害被执行人或其他债权人的合法权益，该协议无效。
损害公共利益：
- 若协议内容损害国家、集体或公共利益，如通过协议规避环保责任等法定义务，法院可依职权认定无效。
违反法律规定：
- 协议内容若违反法律、行政法规的强制性规定，也将导致协议无效。
四、实践中的特殊问题
执行担保：
- 若第三人提供财产担保，需办理登记或交付手续。未完成的担保物权不设立，但担保合同仍可能有效（需视具体情况而定）。然而，这并不改变执行和解协议主体应限于申请执行人与被执行人的基本原则。
债务转移与代为履行：
- 债务转移需经申请执行人同意，且原债务人退出法律关系；代为履行的，原债务人仍承担责任。但这些情况均不改变执行和解协议应由申请执行人与被执行人签订的基本要求。
五、法律建议
谨慎签订协议：
- 申请人在签订执行和解协议时，应确保协议主体适格、意思表示真实、内容合法。避免与第三人签订可能无效的协议。
咨询专业意见：
- 在签订协议前，建议咨询专业律师（如我）以获取法律意见，确保协议的合法性和有效性。
注意协议履行：
- 协议签订后，各方应严格按照协议履行义务。若一方不履行协议，另一方有权向法院申请恢复对原生效法律文书的执行。
综上所述，申请人与第三人签订的执行和解协议一般无效。在处理执行案件时，应严格遵守法律规定，确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。