将车库改为商业用房后收取物业费是合法的，但具体需根据物业服务合同的约定来确定。

首先，从法律角度来看，物业费是业主或物业使用人根据物业服务合同的约定，向物业服务企业支付的费用。车库改为商业用房后，其性质发生了变化，从原本的停车用途转变为了商业用途。这一变化可能影响到物业服务的内容和成本，因此，物业服务企业有权根据变化的情况，在物业服务合同中约定相应的物业费标准。

其次，在实际操作中，物业服务企业通常会根据物业的性质、用途、面积等因素来制定物业费标准。车库改为商业用房后，由于商业用房通常需要更多的物业服务，如安保、清洁、维修等，因此，物业费标准可能会相应提高。这是合理的，因为物业服务企业需要投入更多的人力、物力和财力来提供相应的服务。

最后，需要注意的是，物业费的具体金额和支付方式等应在物业服务合同中明确约定。如果业主或物业使用人对物业费有异议，可以与物业服务企业进行协商，或者通过法律途径来维护自己的合法权益。

综上所述，将车库改为商业用房后收取物业费是合法的，但具体金额和支付方式等需根据物业服务合同的约定来确定。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。