流水河填上是否违法，主要取决于填河行为是否获得了相关的行政许可，以及是否违反了相关的法律法规。

首先，我们需要明确的是，河湖是自然资源的重要组成部分，对于河湖的管理和保护，国家有一系列的法律法规进行规范。根据《中华人民共和国长江保护法》等相关法律法规，河湖水域是受到严格保护的，禁止非法侵占河湖水域。

具体来说，如果填河行为未经省级以上人民政府批准，或者未办理相关的行政许可，那么这种行为就可能构成非法侵占河湖水域，是违法的。此外，即使获得了行政许可，但在填河过程中违反了许可要求，或者对河湖环境、生态等造成了不良影响，也可能构成违法行为。

从您提供的信息中，我们可以看到上海市水务局执法总队就处理了一起非法侵占河湖水域的案件。该公司在未办理行政许可的情况下，对某河道实施了非法填埋，侵占了河湖水域面积。最终，该公司被责令停止违法行为，限期改正，并被处以罚款。

因此，对于流水河填上是否违法的问题，我们需要具体分析填河行为是否获得了相关的行政许可，以及是否违反了相关的法律法规。如果确实存在违法行为，那么相关部门将依法进行查处。同时，我们也应该积极保护河湖环境，避免对河湖造成不必要的损害。