自建房在特定情况下是会被法院强制执行的。以下是对此问题的详细分析：
执行条件：
- 若被执行人未履行法律文书确定的义务，法院有权对其名下自建房采取强制执行措施。这意味着，如果自建房的所有者存在债务纠纷，且未按判决或裁定来履行还款义务，那么该自建房就可能面临被强制执行的风险。
生活必需住房的保护：
- 若自建房是被执行人及其所扶养家属的生活必需居住房屋，法院在执行时会予以特殊考虑。一般情况下，法院会查封该房屋，但不得拍卖、变卖或抵债，以保障被执行人的基本居住需求。
超出生活必需范围的处理：
- 如果自建房面积较大、价值较高，超出了生活必需的范围，法院在保障被执行人及其扶养家属最低生活标准所必需居住房屋后，有权对剩余价值部分进行执行。这意味着，超出必需部分的房产价值可以被用来偿还债务。
手续不合法的情况：
- 对于手续不合法的自建房，执行过程可能会更加复杂。法院需要结合具体情况和当地政策来处理，可能会涉及与相关部门协作执行或依据相关法规进行特殊处理。
综上所述，自建房在特定条件下是会被法院强制执行的，但具体执行与否以及执行方式会受到多种因素的影响，包括房屋的性质、价值、被执行人的居住需求以及当地政策等。如果你面临相关问题，建议直接向我咨询，以便我能根据你的具体情况提供更详细的法律建议。