关于施工中自然灾害导致的损失由谁承担的问题，这是一个涉及多个法律关系和合同条款的复杂问题。以下是我根据相关法律法规和常见合同条款给出的全面分析：
结论前置
施工中自然灾害导致的损失承担，需根据具体情况，依据相关法律法规、合同约定及实际损失情况来确定。一般而言，不可抗力导致的损失由建设单位（业主）承担，但施工方未尽到合理防灾准备或存在过错的除外。
损失承担原则
工程本身的损害：
- 根据相关法律法规，如《建设工程工程量清单计价规范》等，因不可抗力事件（包括自然灾害）导致的工程本身损害，通常由建设单位承担。这是因为建设单位作为工程的所有者，对工程的整体质量和安全负有最终责任。
施工方的机械设备损坏及停工损失：
- 施工方自有机械设备的损坏及停工损失，一般由施工方自行承担。施工方对其机械设备负有管理和维护的责任，且这部分损失不属于工程本身的损害范畴。
人员伤亡损失：
- 各自承担其人员伤亡损失。即如果是施工方的人员伤亡，由施工方负责赔偿；如果是建设单位等其他相关方人员的伤亡，则由相应的责任主体按照法律规定承担责任。
清理修复费用：
- 因自然灾害导致工地现场需要清理及对工程进行修复的费用，通常由建设单位承担。这是建设单位作为工程所有者的固有责任。
有保险的情况：
- 如果建设工程参与了相关保险，如建筑工程一切险等，那么在保险范围内的自然灾害损失，将由保险公司按照保险合同的约定进行赔偿。具体的赔偿范围、比例、免赔额等需要根据保险合同的具体条款来确定。
施工方的责任与过错判定：
- 若施工方在自然灾害发生前未按照设计图纸施工、使用不合格或不合约定的建筑材料等，导致工程质量问题进而加剧自然灾害造成的损失，施工方应承担相应责任。
- 如果施工方在灾害预警发布后未及时采取防灾措施，也需对扩大的损失负责。
合同条款的重要性
- 工程合同中通常会就不可抗力等事项进行约定。在处理工程自然灾害损失时，应首先查阅合同条款，明确双方的权利和义务。若合同中有特别约定，且不违反法律法规的强制性规定，应按照约定执行。
综合建议
为降低自然灾害带来的风险和损失，建议相关责任方在合同签订前充分协商并明确各自的权利义务。同时，施工方应加强防灾减灾意识，制定并执行有效的防灾措施，以确保工程安全和人员生命财产安全。
综上所述，施工中自然灾害导致的损失承担问题需根据具体情况综合分析，并依据相关法律法规和合同条款来确定责任主体。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。