低领未成年人犯罪核准追诉程序在实践中的确面临一些具体问题，以下是对这些问题的详细探讨：
一、罪行与后果的界定
罪行的明确：核准追诉程序针对的是“犯故意杀人、故意伤害罪”的低龄未成年人。在实践中，需要明确何种行为构成故意杀人或故意伤害，这要求司法机关对案件事实进行细致审查，确保罪行的准确性。
后果的评估：对于“致人死亡或者以特别残忍手段致人重伤造成严重残疾”的后果，需要进行严格的医学和法律评估。特别是“特别残忍手段”和“严重残疾”的界定，需要专业机构和人员进行客观、公正的评估，以确保追诉的合理性。
二、情节恶劣的判断
“情节恶劣”是核准追诉的重要条件之一，它涉及对未成年人及其行为相关的主客观因素的综合性限制。在实践中，这要求司法机关综合考虑未成年人的年龄、心智发展水平、行为动机、手段、后果以及社会影响等多方面因素，进行全面、深入的评估。同时，未成年人的社会调查报告可作为判断“情节恶劣”的主要参考，这需要司法机关在调查过程中充分收集、分析相关证据和材料。
三、程序上的挑战
羁押性强制措施的适用：侦查阶段不得轻易对低龄未成年人适用羁押性强制措施，这要求司法机关在侦查过程中更加注重保护未成年人的合法权益，积极制定符合未成年人特点的审前羁押替代性措施。
核准追诉的层级：基于检察权上下一体的原则，检察机关在核准时上级院无须过滤，应当层报最高人民检察院核准。这一程序上的要求增加了核准追诉的复杂性和时间成本，需要司法机关在提高效率的同时，确保核准追诉的准确性和公正性。
四、矫治教育与被害人保护
对于未核准追诉的案件，需要开展相应的矫治教育和被害人救助保护工作。这要求司法机关在追诉程序之外，建立完善的矫治教育体系，对未成年人进行有针对性的教育和矫治；同时，也需要加强对被害人的保护和救助，确保其合法权益得到有效维护。
综上所述，低领未成年人犯罪核准追诉程序在实践中面临多方面的挑战和问题。为了确保程序的准确性和公正性，需要司法机关在严格遵守法律规定的同时，积极探索和实践更加科学、合理、有效的追诉方式和方法。同时，也需要社会各界共同努力，加强对未成年人罪错行为的预防和治理，为未成年人的健康成长创造良好的社会环境。