作为科室人员，在遇到重大医疗事故时，应当按照以下步骤进行处理：
一、立即报告
向科室负责人报告：一旦发现或发生医疗事故、可能引起医疗事故的医疗过失行为，或者发生医疗事故争议，医务人员应当立即向所在科室负责人报告。
科室负责人上报：科室负责人接到报告后，应当及时向本医疗机构负责医疗服务质量监控的部门或者专（兼）职人员报告。
二、调查与核实
内部调查：负责医疗服务质量监控的部门或者专（兼）职人员接到报告后，应立即进行调查、核实，了解事故的具体情况，包括事故发生的时间、地点、涉及人员、事故经过及后果等。
向患者通报：在调查核实的过程中，应向患者或其家属通报事故情况，解释事故原因，并告知可能采取的补救措施。
三、报告卫生行政部门
四、采取补救措施
防止损害扩大：医疗机构及其医务人员应当立即采取有效措施，避免或者减轻对患者身体健康的损害，防止损害扩大。
病历资料封存：在发生医疗事故争议时，应确保死亡病例讨论记录、疑难病例讨论记录、上级医师查房记录、会诊意见、病程记录等病历资料在医患双方在场的情况下封存和启封。
五、处理争议
协商解决：发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以首先尝试协商解决。
调解申请：若协商不成，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，或者直接向人民法院提起民事诉讼。
调解过程：调解时，应当遵循当事人双方自愿原则，依据相关法律法规计算赔偿数额。经调解达成协议的，制作调解书，双方当事人应当履行。
六、法律途径
诉讼：若调解不成或达成协议后一方反悔，患者或其家属可以向人民法院提起民事诉讼，通过法律途径解决争议。
司法确认：经依法设立的调解组织调解达成调解协议的，双方当事人还可以共同向人民法院申请司法确认，以确保调解协议的合法性及执行力。
综上所述，作为科室人员，在遇到重大医疗事故时，应保持冷静、及时报告、积极配合调查、采取有效措施防止损害扩大，并依法处理争议。