合作协议的时间是可以约定为长期的。只要合同当事人双方协商一致，且不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，合作协议就可以约定为长期有效。这意味着，在约定的期限内，双方将按照协议的条款持续履行各自的义务和享有相应的权利。

然而，值得注意的是，即便合作协议约定了长期有效，也可能因法定情形而终止。例如，双方协商一致解除协议，一方根本违约致使协议目的无法实现，或者出现不可抗力等不可预见、不可避免、不能克服的客观情况导致协议无法履行等。因此，在签订长期合作协议时，双方应充分考虑各种因素，明确协议的变更、解除等相关条款，以保障自身的合法权益。

此外，合作协议的具体内容，包括期限、双方的权利义务、违约责任等，都应当由当事人自主约定，并确保这些约定符合法律法规的规定。如果合作协议在履行过程中发生争议，双方应当首先尝试通过协商的方式解决；协商不成的，可以依法向人民法院提起诉讼，寻求司法救济。

总之，合作协议的时间可以约定为长期，但双方在签订协议时应谨慎考虑各种因素，并确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。