在土地转让合同协议书上注明使用年限是非常重要的，这关系到合同的合法性和双方权益的明确性。以下是对这一问题的详细解答：

一、为什么需要注明使用年限

1. 法律法规要求：根据相关法律法规，如《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》和《农村土地承包法》，国有土地和农村集体土地在转让时都需遵循一定的使用年限规定。明确注明使用年限可以确保合同内容符合法律法规要求，避免违法风险。

2. 权益保障：注明使用年限可以明确双方在时间维度上的权益和义务，避免未来因土地使用时长、终止时间等问题产生分歧，从而保护双方的合法权益。

3. 避免纠纷：缺乏明确的期限约定可能导致双方对土地使用权的理解存在差异，进而引发争议。注明使用年限可以明确双方的权利和责任，减少纠纷的发生。

二、不同土地性质下的年限要求

1. 国有土地：国有土地使用权转让需在土地出让合同规定的使用年限内进行，转让年限不得超过原土地出让合同的剩余使用年限。

2. 农村集体土地：

   • 土地承包经营权转让：流转期限不得超过承包期的剩余期限。
   • 其他集体建设用地转让：应遵循相关政策和集体组织的规定，并与土地的使用目的和合理利用周期相适应。

三、未注明使用年限的风险

1. 法律纠纷：如双方对土地使用时长、终止时间等问题产生分歧，可能引发法律纠纷，导致合同无效或需要重新协商。

2. 权益受损：在无明确期限的情况下，如遇土地征收等情况，补偿分配和剩余权益界定可能产生争议，导致双方权益受损。

四、建议

1. 明确约定转让期限：在签订土地转让协议时，应明确约定转让期限，确保合同的合法性和双方权益的明确性。

2. 咨询专业律师：在涉及土地转让等复杂法律事务时，建议咨询专业律师以获取准确的法律意见和风险防范建议，确保合同的合法性和有效性。

综上所述，土地转让合同协议书上注明使用年限是非常重要的。这不仅可以确保合同的合法性和双方权益的明确性，还可以避免未来因土地使用时长等问题产生的纠纷。因此，在签订土地转让协议时，请务必注明使用年限。