本诉和反诉同时存在时，上诉应当分开进行，而不能合并上诉。以下是详细解释：

一、本诉与反诉的定义及性质

1. 本诉：是原告向法院提出的诉讼请求，是诉讼程序中的主要内容。
2. 反诉：是在已经开始的民事诉讼程序中，被告以本诉原告为被告，向受诉法院提出的与本诉有牵连的独立的反请求。

二、上诉与反诉的区别及处理方式

1. 上诉：

   • 是当事人对一审未生效裁判不服，在法定期限内向上一级法院提起的请求重新审理的诉讼行为。
   • 上诉针对的是一审判决或裁定的整体或部分内容，旨在请求上级法院对下级法院的裁判进行审查并作出处理。
   • 上诉程序是二审程序，需要按照二审程序的规定进行。

2. 反诉：

   • 是在本诉进行中，被告向原告提出的与本诉有牵连的独立反请求。
   • 反诉的请求和理由要与本诉基于相同法律关系、相同事实或者具有因果关系。
   • 反诉应当在本诉受理后，法庭辩论终结前提出。

3. 处理方式：

   • 由于上诉是针对一审裁判的，而反诉是在本诉进行中提出的，因此二者在时间和程序阶段上是相互排斥的，无法同时开展。
   • 在本诉和反诉都存在的情况下，若当事人对一审裁判不服，应分别就本诉和反诉提起上诉。
   • 法院在二审阶段会分别审理本诉和反诉的上诉请求，并分别作出判决或裁定。

三、法律依据

• 《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释对上诉和反诉的程序作了明确规定，强调了二者的独立性和分别处理的原则。

四、结论

综上所述，本诉和反诉同时存在时，上诉应当分开进行，分别就本诉和反诉提起上诉，并按照二审程序的规定进行审理。这是由上诉和反诉的定义、性质以及法律规定所决定的。因此，当事人在处理此类情况时，应严格遵循法律规定，分别提起上诉，以维护自己的合法权益。