两个专业工程不能设置总承包资质。以下是详细的分析和解释：

根据《建筑业企业资质标准》(建市〔2014〕159号)的相关规定，施工总承包资质和专业承包资质在承包范围上存在明确的区分。具体来说，取得施工总承包资质的企业可以对所承接的施工总承包工程内各专业工程全部自行施工，也可以将专业工程依法分包。然而，这并不意味着总承包资质可以覆盖或替代专业承包资质。

当设有专业承包资质的专业工程单独发包时，必须由取得相应专业承包资质的企业来承担。这意味着，对于特定的专业工程，即使企业拥有施工总承包资质，也不能直接承揽该专业工程，除非该企业同时拥有该专业工程的专业承包资质。

此外，值得注意的是，总承包资质和专业承包资质之间不存在覆盖关系。拥有施工总承包资质的企业并不能因为总承包资质而自动获得承揽设有相应资质的专业工程的权利。因此，对于两个专业的工程，不能简单地设置总承包资质来涵盖这两个专业。

综上所述，两个专业工程不能设置总承包资质，而是需要根据各自的专业特点，分别申请相应的专业承包资质或施工总承包资质（如果适用）。如有更多疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。