在高速公路上，车辆因故障停在应急车道是否会扣分，这主要取决于停车的具体情况。以下是对此问题的详细分析：

一、合法使用应急车道的情况

如果车辆在高速公路上确实发生故障或遭遇事故，无法继续正常行驶，此时可以停在应急车道上。但停车后，必须立即采取以下措施：

1. 开启灯光：要立即开启危险报警闪光灯（双闪灯），以警示后方来车。在夜间或视线不良的情况下，还应同时开启示廓灯和后位灯。

2. 设置警告标志：在来车方向150米以外设置警告标志，如果是夜间、雨、雪、雾、沙尘、冰雹等低能见度条件，应提升至200米以外。

3. 人员转移与报警：车上人员应迅速转移到右侧路肩上或应急车道内，并及时报警寻求帮助。

在这种情况下，由于车辆是因故障或事故而停车，并且采取了必要的警示和安全措施，因此通常不会被扣分。

二、违规使用应急车道的情况

如果车辆只是出现轻微故障，但仍然可以缓慢行驶至前方服务区或出口，或者驾驶员为了贪图方便等非紧急原因，随意将车辆停在应急车道上，这种行为则属于违法占用应急车道。

根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，驾驶机动车在高速公路或城市快速路上违法占用应急车道行驶的，一次记6分，并可能会被处以20元以上200元以下罚款。具体罚款金额可能会因地区而异，如某些地区罚款金额可能高达3000元。

三、总结与建议

应急车道是高速公路上的“生命通道”，专为处理紧急事务的车辆以及因故障或事故无法继续行驶的车辆而设置。驾驶员在使用应急车道时，应严格遵守相关规定，确保自身和其他车辆的安全。

• 在非紧急情况下，切勿随意占用应急车道，以免触犯法律并危及自身及他人的生命安全。
• 如遇紧急情况需要停车，务必按规定操作，开启灯光、设置警告标志、及时报警，并尽快将车辆移至不妨碍交通的地方。

希望每位驾驶员都能遵守交通规则，共同维护高速公路的行车秩序和安全。