有仲裁的公司是可以注销的，但需遵循相关法律法规和程序，妥善处理好与仲裁相关的事宜。具体来说：

1. 注销程序：公司应按照法定的注销程序进行操作，包括清算、公告等环节。在清算过程中，需要妥善处理好与仲裁相关的事务，如告知仲裁机构公司即将注销的情况，确保仲裁程序不会因公司注销而受到影响。

2. 仲裁案件处理：若仲裁案件尚未审结，公司应与仲裁机构协商妥善处理后续事宜。如果公司未经合法清算便注销，劳动者可以向原公司的股东、实际控制人或清算组主张权利，要求其承担相应责任。

3. 法律风险：公司在劳动仲裁期间注销存在法律风险。如果公司故意注销以逃避劳动仲裁责任，可能会面临行政处罚，甚至刑事责任。因此，公司在注销前应确保已经妥善处理了所有劳动仲裁事务，避免因此产生法律纠纷。

综上所述，有仲裁的公司可以注销，但必须依法行事，妥善处理好与仲裁相关的事宜，以避免可能的法律风险。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。