当您的电动摩托车因改装被扣押时，您需要了解并遵循一系列处理流程。以下是一份详尽的指南，帮助您妥善应对这一情况：

一、明确扣车原因与法律依据

首先，您应主动与扣车的交警部门取得联系，礼貌地询问扣车的具体原因，并要求明确指出违反的具体法律法规条款。根据我国《道路交通安全法》及相关地方性电动车管理条例，电动摩托车的改装（如动力系统、外观尺寸等）若超出规定范围，将可能面临处罚。

二、准备必要材料

为了有效处理后续事宜，您需要准备以下材料：

1. 车辆证件：包括电动摩托车的购买发票、合格证等，以证明车辆的合法来源和原始规格。
2. 身份证明：携带您的有效身份证件，以便在处理相关事宜时验证身份。

三、了解处罚标准与积极配合

电动车改装的处罚标准因具体情况而异，一般可能包括警告、罚款、责令恢复原状以及扣车等。若改装行为涉及改变车辆的速度、制动等安全性能，且情节严重的，可能面临更严厉的处罚。

您应：

1. 认识并接受错误：向交警部门表明您已认识到改装行为的违规性，并表达愿意接受处罚的态度。
2. 配合调查：如实提供改装的相关信息，包括改装时间、地点、项目及记录等。
3. 接受处罚：根据违规情况，交警部门将作出相应处罚。您应按时缴纳罚款，并在规定期限内完成整改，如拆除违规加装的部件或恢复动力系统的原始配置。

四、取回车辆流程

完成整改并确保电动摩托车符合相关安全技术标准和管理规定后，您可以按照以下流程取回车辆：

1. 邀请检查：邀请交警部门对车辆进行检查确认，确保整改符合要求。
2. 缴纳费用：如有停车费用或其他相关费用，需按交警部门要求缴纳。
3. 办理手续：携带整改证明、缴费凭证、车辆证件及身份证明，前往指定地点办理车辆取回手续。核对信息无误后签字确认，并领取车辆。

五、行政复议或诉讼途径

如果您认为交警部门的扣车行为或处罚决定存在不合理之处，您可以采取以下措施维护自己的合法权益：

1. 行政复议：在知道具体行政行为之日起六十日内，向上一级行政机关申请行政复议，并提交复议申请书及相关证据材料。
2. 行政诉讼：对行政复议结果不满或不愿申请复议的，可以在知道或应当知道行政行为之日起六个月内，向人民法院提起行政诉讼，并提供充分证据支持您的主张。

六、预防与建议

为避免类似情况再次发生，建议您在改装电动摩托车前深入了解相关法规和政策，确保改装行为合法合规。同时，定期对电动摩托车进行检查和维护，确保其安全性能良好。

总之，面对电动摩托车改装后被扣的情况，保持冷静、积极配合交警部门处理，并依法维护自己的权益是至关重要的。希望这份指南能为您提供有效的帮助。