医疗纠纷司法鉴定不能直接作为处罚依据。

根据《医疗事故处理条例》第三十五条的规定，卫生行政部门在作出行政处理时，必须依照该条例以及有关法律、行政法规、部门规章的规定进行。具体来说，只有当医疗事故技术鉴定后确认构成医疗事故的情形，卫生行政部门才能据此作出行政处理。其他类型的鉴定，包括医疗纠纷司法鉴定，并不能直接作为行政处理的依据。

此外，医疗事故技术鉴定的步骤也是严格规定的，包括受理委托、组成鉴定组、组织鉴定等环节。这些步骤确保了鉴定的公正性和准确性，从而保障了当事人的合法权益。如果任何一方当事人对首次医疗事故鉴定结论不服，还可以在规定的时间内提出再次鉴定的申请。

综上所述，医疗纠纷司法鉴定虽然可以为处理医疗纠纷提供重要的参考依据，但并不能直接作为处罚的依据。在处理医疗纠纷时，应当遵循相关法律法规的规定，确保处理的公正性和合法性。