针对政府采购代理机构乱收费的问题，其处罚方式主要依据相关的法律法规进行。以下是对此问题的详细解答：
一、主要法律依据
- 《中华人民共和国政府采购法》及《中华人民共和国政府采购法实施条例》：这两部法律法规是规范政府采购行为的基本法律，其中对于采购代理机构的行为也有明确的规定。
- 《政府采购代理机构管理暂行办法》（财库〔2018〕2号）：该办法对政府采购代理机构的代理行为、费用收取等进行了具体规范。
- 地方性规定，如《云南省财政厅关于进一步规范政府采购相关收费行为的通知》（云财规〔2023〕13号）：这类地方性规定针对特定地区的政府采购行为提供了更详细的指导和规范。
二、乱收费的具体表现形式及处罚
逾期退还保证金：
- 表现形式：未按照法定时限退还投标保证金。
- 处罚依据：《中华人民共和国政府采购法实施条例》第三十三条规定，未按时退还保证金的，财政部门可责令改正，并给予警告或罚款等处罚。
限制保证金缴纳形式：
- 表现形式：限制投标人只能以特定形式（如现金）缴纳保证金。
- 处罚依据：同上，违反规定的，财政部门可依法进行处罚。
未在采购文件中明确代理费用收取标准和方式：
- 表现形式：采购文件未清晰说明代理费用的具体收取标准和方式。
- 处罚依据：《政府采购代理机构管理暂行办法》第十五条规定，代理机构未在采购文件中明示代理费用收取方式及标准的，财政部门可责令改正，并给予警告或罚款。
采购文件费用设置过高：
- 表现形式：采购文件费用超出合理范围。
- 处罚依据：根据地方性规定（如云南的规定），纸质采购文件售价应按照弥补制作成本、邮寄成本的原则确定，不得以营利为目的。违反规定的，财政部门可进行相应处罚。
违规增收没有法律依据的投标费用：
- 表现形式：向供应商收取没有法律依据的费用（如公证费、质量保证金等）。
- 处罚依据：根据相关法律法规和地方性规定，未经允许向供应商收取额外费用的，财政部门可责令退还并处罚款。
转嫁专家评审费用：
- 表现形式：将专家评审费用转嫁给供应商。
- 处罚依据：根据地方性规定（如云南的规定），专家评审费用应由采购人或采购代理机构支付，不得转嫁给供应商。违反规定的，财政部门可进行处罚。
三、总结
政府采购代理机构乱收费的行为违反了相关法律法规和地方性规定，财政部门作为监管部门应依法进行处罚。处罚方式可能包括责令改正、警告、罚款、没收违法所得等。同时，为了预防类似行为的发生，采购代理机构应加强内部管理，提高员工的法律知识和业务素质，确保代理行为的合法性和规范性。供应商在遇到乱收费行为时，也应积极向财政部门举报投诉以维护自身权益。