协议书盖项目专用章的法律效力，需根据具体情况来判断。以下是对此问题的详细分析：
项目专用章的性质与用途：
- 项目专用章通常是法人或非法人组织内部用于特定项目相关事务的印章，其使用范围和权限通常受到一定的限制。
- 项目专用章不同于合同专用章或公章，其并不具备普遍的、对外的法律效力。
判断协议书盖项目专用章是否有效的关键因素：
- 授权情况：若法人或非法人组织明确授权项目专用章可用于签订该协议书，且协议书内容不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，双方意思表示真实，则协议书通常有效。
- 相对人的善意与过失：若相对人善意且无过失地相信项目专用章具有签约权限，即使实际上未获得授权，也可能构成表见代理，从而使协议书有效。
- 内部规范与流程：法人或非法人组织内部对于项目专用章的使用是否有规范流程，若违反流程盖章，也可能引发效力争议。
特殊情况下的处理：
- 若项目专用章上明确注明了“对外签订经济合同无效”等字样，则加盖此类印章的协议书通常对法人或非法人组织不发生效力。
- 若协议书涉及转包、违法分包或挂靠等情形，且项目专用章的使用与此类违法违规行为相关联，则协议书的效力可能受到进一步影响。
法律建议：
- 在签订协议书时，应尽可能使用合同专用章或公章，以确保协议书的法律效力。
- 若确需使用项目专用章，应事先确认该印章是否获得法人或非法人组织的明确授权，并确保协议书内容合法、双方意思表示真实。
- 在签订协议书后，应妥善保管相关证据材料，以便在必要时证明协议书的效力。
综上所述，协议书盖项目专用章的法律效力需根据具体情况来判断，包括授权情况、相对人的善意与过失、内部规范与流程等因素。若您对此类问题存在疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。