如果你发现工程鉴定公司存在违规鉴定的情况，你可以向以下部门或机构进行投诉：
向鉴定机构内部投诉：
- 如果该鉴定机构设有内部投诉机制，你首先可以选择向机构内部进行投诉。这通常可以通过鉴定机构的官方网站、客服热线或直接联系其管理层来实现。
向行政主管部门投诉：
- 如果内部投诉未能解决问题，或者鉴定机构没有设立内部投诉机制，你可以向鉴定机构所属的行政主管部门进行投诉。对于工程鉴定机构，这通常是当地的住房和城乡建设委员会（住建局）或相关建设行政主管部门。你可以通过拨打政府服务热线、访问政府官方网站或亲自前往相关部门进行投诉。
向行业协会或专业组织投诉：
- 如果鉴定机构属于某个行业协会或专业组织，你也可以向这些组织进行投诉。行业协会或专业组织通常会对成员机构进行监管，并处理相关的投诉事宜。你可以通过查询相关行业协会或专业组织的官方网站，了解具体的投诉渠道和流程。
在投诉时，请务必提供详细的证据和情况说明，以便相关部门或机构能够更有效地处理你的投诉。这可以包括鉴定报告、现场照片、视频证据、证人证言等。同时，你也可以咨询专业律师，如我，以获取更具体的法律建议和支持。
综上所述，针对工程鉴定公司的违规鉴定行为，你可以通过向鉴定机构内部、行政主管部门或行业协会投诉来维护自己的合法权益。在投诉过程中，请保持冷静和理性，提供充分的证据和情况说明，以便相关部门或机构能够公正、有效地处理你的投诉。