非正常营业的个体户签署的合作协议，其有效性需根据具体情况来判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同主体的合法性：

   • 非正常营业的个体户，如果其营业执照未被吊销或注销，且仍在有效期内，那么其作为合同主体是合法的，有权签署合作协议。
   • 如果个体户的营业执照已被吊销或注销，或者从未取得过合法营业执照，那么其作为合同主体的合法性就存在问题，签署的合作协议可能因此而被认定为无效。

2. 合同内容的合法性：

   • 合作协议的内容必须符合法律法规的规定，不能违反法律禁止性规定，否则合同无效。
   • 合同内容应当明确、具体，包括合作事项、合作期限、权利义务、违约责任等，以确保合同的可执行性。

3. 合同签署的自愿性：

   • 合作协议的签署必须是双方自愿的，不能存在欺诈、胁迫等违法情形。
   • 如果合同签署过程中存在违法情形，那么受欺诈或胁迫方有权请求人民法院或仲裁机构撤销该合同。

4. 合同的履行情况：

   • 即使合作协议签署时有效，但如果后续履行过程中出现违法或违约行为，也可能导致合同被解除或认定为无效。
   • 因此，合同的履行情况也是判断合作协议有效性的重要因素之一。

综上所述，非正常营业的个体户签署的合作协议是否有效，需要根据个体户的合法性、合同内容的合法性、合同签署的自愿性以及合同的履行情况等多个方面来综合判断。如果你有具体的合作协议需要评估，可以将合同内容提供给我，我将为你提供更准确的法律意见。