扣除社保个人部分后工资低于最低工资标准是不合法的。以下是详细解析：
一、最低工资标准的定义
最低工资标准是指在法定工作时间或劳动合同约定的工作时间内，劳动者提供正常劳动的前提下，用人单位应支付的最低劳动报酬。这一标准旨在保障劳动者的基本生活需要，确保其在提供正常劳动后能够获得不低于某一水平的工资收入。
二、扣除社保个人部分后的工资要求
法规依据：根据《最低工资规定》及相关地方性法规，用人单位支付给劳动者的工资，在剔除某些特定项目后，不得低于当地最低工资标准。这些特定项目通常包括延长工作时间工资、特殊工作环境下的津贴以及法律、法规和国家规定的劳动者福利待遇等。然而，这些剔除项目中并未明确包含劳动者个人应缴纳的社会保险费。
实际执行：在实际操作中，劳动者个人应缴纳的社会保险费是从其工资中代扣代缴的。但这部分代扣的费用并不应导致劳动者实际到手的工资低于最低工资标准。换句话说，用人单位在支付工资时，应确保劳动者在扣除个人社保费用后的实际收入仍不低于当地最低工资标准。
三、不同地区的具体规定
虽然《最低工资规定》提供了总体框架，但不同地区在具体执行上可能有所差异。例如，重庆地区的官方意见认为最低工资标准包含个人应缴纳的社会保险费和住房公积金，但其他地区如北京、上海则规定最低工资不包括劳动者个人应缴纳的各项社会保险费和住房公积金。因此，在具体判断时，还需参考当地的相关规定。
四、劳动者的权益保护
协商与投诉：如果劳动者发现自己在扣除社保个人部分后的工资低于当地最低工资标准，首先应与用人单位进行协商，要求其按照法律规定支付工资。若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉。
劳动仲裁与诉讼：如果投诉未能解决问题，劳动者还可以依法申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的合法权益。在仲裁或诉讼过程中，劳动者应提供充分的证据来证明用人单位的违法行为。
五、总结与建议
综上所述，扣除社保个人部分后工资低于最低工资标准是不合法的。劳动者在遇到此类问题时，应积极与用人单位沟通并寻求解决方案；若无法解决，则应通过法律途径来维护自己的合法权益。同时，用人单位也应严格遵守相关法律法规，确保支付给劳动者的工资不低于当地最低工资标准，以保障劳动者的基本生活需要。