当租户需要拿你的房产合同去办理烟草证，并在复印件上写备注时，你可以按照以下方式处理：
你可以在复印件上写明：“此复印件仅用于租户办理烟草证使用，不得用于其他任何用途。”，并签署你的名字和日期，以确保备注的合法性和有效性。
具体来说，这样做有以下几个好处：
明确用途：备注中明确指出复印件的用途，即仅用于租户办理烟草证，这样可以避免租户将复印件用于其他不合法或未经你同意的用途。
保护权益：通过签署你的名字和日期，可以确保这份备注是你真实意愿的表达，从而在法律上保护你的权益。如果租户后来将复印件用于其他用途，你可以凭借这份备注来维护自己的合法权益。
预防纠纷：明确的备注可以预防未来可能因复印件使用不当而引发的纠纷。如果租户在办理烟草证过程中或之后，因复印件使用问题与你产生争议，这份备注可以作为有力的证据来支持你的主张。
如果你还有其他担忧或需要进一步的法律咨询，请随时告诉我，我会尽我所能为你提供帮助。