在亲子鉴定中，判断是否存在亲生关系主要依据的是亲子关系概率（RCP）或累积亲权指数（CPI）。一般来说：

1. 亲子关系概率（RCP）：

   • ≥99.99%：通常认为存在亲子关系。
   • <99%：基本排除亲子关系。
   • 99%-99.99%：需结合更多基因位点进一步检测。

2. 累积亲权指数（CPI）：

   • CPI>10000：支持亲子关系。
   • CPI<0.0001：排除亲子关系。

因此，当亲子鉴定结果显示亲子关系概率超过99.99%时，即可认定存在亲生关系；而如果低于99%，则基本可以排除亲生关系的可能性。需要注意的是，由于基因存在极低概率的突变或偶然匹配，科学上无法做到绝对100%的判定，但99.99%已经达到国际公认的认定标准，误差概率极低，可视为亲生关系成立。

在特殊情况下，如检测到个别位点不符，可能是基因突变导致，这时需增加检测位点或结合其他证据来判断。另外，如果父亲与孩子存在近亲关系（如叔侄），也可能影响结果的准确性，这时需采用更精细的检测方法。

总的来说，亲子鉴定的科学性和准确性极高，只要结果达到99.99%以上，即可确认亲生关系。如果结果存疑，建议选择正规机构进行复检，或结合其他遗传标记进一步分析。如有任何关于亲子鉴定的法律问题或疑问，您可以直接向我咨询。