当机动车与电瓶车相撞并划分了主次责任后，赔偿流程通常遵循以下步骤：

一、确定赔偿范围

赔偿范围一般包括车辆维修费用、医疗费用、误工费、护理费、交通费、营养费等。若事故造成残疾，还需包括残疾赔偿金、残疾辅助器具费等；若造成死亡，则需赔偿丧葬费、死亡赔偿金等。

二、交强险赔偿

1. 责任限额内赔偿：首先由机动车一方的交强险在责任限额范围内对电瓶车方进行赔偿。交强险有责任限额规定，包括死亡伤残赔偿限额、医疗费用赔偿限额以及财产损失赔偿限额。
2. 无责赔偿：即使机动车无责任，交强险也需在无责限额内进行赔偿。

三、超出交强险部分的赔偿

1. 划分责任比例：超出交强险赔偿限额的部分，根据主次责任来划分赔偿比例。通常，主要责任方承担的赔偿比例在70%-90%，次要责任方承担的赔偿比例在10%-30%。
2. 具体赔偿：如果电瓶车负主要责任，机动车负次要责任，那么超出交强险的部分，电瓶车方需承担大部分，机动车方承担小部分；反之亦然。

四、商业险赔偿

若机动车购买了商业第三者责任险，那么机动车一方需承担的超出交强险部分的赔偿，可由商业险按合同约定进行赔偿。若未购买商业险，则由机动车方按责任比例自行承担。

五、协商与诉讼

1. 协商：在赔偿过程中，双方可先进行协商，尝试达成赔偿协议。
2. 诉讼：若协商不成，受损方可向法院提起诉讼，要求赔偿。在处理赔偿事宜时，建议保留好相关证据，如事故责任认定书、医疗费用凭证、维修发票等，以维护自身合法权益。

综上所述，机动车与电瓶车相撞后的主次责任赔偿流程涉及多个方面，包括确定赔偿范围、交强险赔偿、超出交强险部分的赔偿、商业险赔偿以及协商与诉讼等。在处理此类事故时，建议双方保持冷静，理性协商，并寻求专业法律意见以确保自身权益得到妥善维护。