当发票被认定为虚开时，需要按照相关法律法规进行处理，以下是一些具体的建议：

一、了解虚开发票的定义与后果

虚开发票指的是开具与实际经营业务情况不符的发票，包括为他人、为自己或介绍他人开具此类发票。这是一种严重的违法行为，不仅损害国家税收利益，还破坏市场公平竞争环境。一旦发票被认定为虚开，相关单位和个人将面临法律责任，可能包括罚款、税款追缴、甚至刑事责任。

二、核实发票情况

1. 检查发票内容：仔细核对发票上的品名、数量、金额等信息，确保与实际交易相符。
2. 核查资金流向：不正常的资金流转，特别是资金回流现象，是虚开发票的重要线索。
3. 了解业务真实性：确认开票方与受票方之间是否存在真实的商品买卖或服务提供等业务往来。

三、配合税务部门调查

1. 提供相关资料：如交易合同、付款凭证、物流单据等，以证明业务的真实性。
2. 接受询问与调查：如实回答税务部门的询问，配合调查工作。

四、承担相应责任

1. 补缴税款与罚款：根据税务部门的处理决定，及时补缴税款，并支付相应的罚款。
2. 调整账务记录：对虚开的发票进行账务调整，确保账务的真实性与准确性。

五、加强内部管理

1. 完善发票管理制度：建立健全发票管理制度，明确发票的开具、审核、保管等流程。
2. 加强员工培训：提高员工对发票管理的认识，增强合规意识。
3. 定期自查与审计：定期开展发票自查与审计工作，及时发现并纠正问题。

六、寻求法律帮助

如果认为税务部门的处理决定存在错误或不当之处，可以寻求法律帮助，通过行政复议或诉讼等方式维护自己的合法权益。

总之，当发票被认定为虚开时，应积极配合税务部门的调查与处理工作，同时加强内部管理，确保业务的真实性与合规性。