当起诉后被告已经还钱，处理流程会根据案件的具体进展有所不同。以下是对不同情况下应如何处理这一问题的详细解答：
一、案件审理阶段
被告还款：
- 若被告在法院作出判决前主动履行了还款义务，原告可以向法院提出撤诉申请。
- 原告需向法院递交书面申请，并附上还款凭证（如转账记录、收据等），以证明被告已还款。
- 法院会对原告的撤诉申请进行审查，确认还款事实后，可能会裁定准许撤诉，从而终结诉讼程序。
庭前和解：
- 双方可以在开庭前达成和解协议，原告据此向法院申请撤诉。
- 法院审查后，若认为和解协议合法有效，会裁定准许撤诉。
二、判决生效后
被告履行还款义务：
- 若案件已经判决，且被告在判决生效后履行了还款义务，原告可以向法院申请撤回执行申请。
- 法院会依据原告的申请，终结执行程序，并记录还款情况。
部分履行：
- 若被告只是部分履行了还款义务，原告可以与被告协商解决剩余款项的偿还问题。
- 若协商不成，原告可以向法院申请对剩余款项继续执行。
三、注意事项
保存证据：
- 无论在哪种情况下，原告都应妥善保存还款凭证和相关证据，以备不时之需。
诉讼费承担：
- 即使被告已经还款，诉讼费用的承担问题仍需根据法院的具体裁定来确定。
保全措施解除：
- 若之前已对被告的财产采取了保全措施，被告还款后，原告应及时向法院申请解除这些保全措施。
综上所述，当起诉后被告已经还钱时，原告应根据案件的具体进展和法院的要求，及时采取相应的措施来终结诉讼程序或执行程序，并确保自己的合法权益得到妥善保护。同时，也要注意保存好相关证据和处理好诉讼费用及保全措施等后续问题。