当您在办理回迁房房产证的过程中发现拆迁协议丢失时，不必过于担心，以下是详细的补办流程及后续办理房产证的步骤：

一、拆迁协议的补办

1. 前往房屋征收主管部门：

   • 首先，您需要前往负责房屋征收的主管部门，这通常是当地的住房保障部门或相关政府机构。

2. 提交申请材料：

   • 在申请补办拆迁协议时，您需要准备并提交一些必要的证明材料，包括但不限于：
     • 个人身份证明（如身份证、户口本等）
     • 房屋相关证明文件（如购房合同复印件、已回迁安置证明等）
     • 拆迁协议丢失的说明或声明

3. 审核与补办：

   • 房屋征收主管部门会对您的申请进行审核，核实您的身份和回迁事实。
   • 审核通过后，主管部门会为您出具补办回迁协议的证明或通知，您据此可以获得新的拆迁协议。

二、房产证的办理

1. 准备相关材料：

   • 补办好的拆迁协议
   • 被拆除房屋的所有权证（如果可用）
   • 已回迁安置证明
   • 您的身份证明
   • 其他可能要求的材料（如安置单位的资格证明等）

2. 前往不动产登记机构：

   • 携带上述所有准备好的材料，前往当地的不动产登记机构。

3. 提交申请并填写表格：

   • 在不动产登记机构，您需要按照要求填写相关的申请表格，并提交所有必要的证明材料。

4. 审核与颁证：

   • 不动产登记机构会对您提交的材料进行审核，核实您的身份和房屋权属情况。
   • 审核通过后，不动产登记机构会为您颁发房产证，确认您对房屋的所有权。

注意事项

• 在整个过程中，请确保您提供的所有材料都是真实、有效的。
• 如果遇到任何困难或疑问，您可以咨询当地的相关部门或寻求专业的法律帮助。
• 请妥善保管好补办好的拆迁协议和房产证，以免再次丢失。

通过以上步骤，您应该能够顺利地补办拆迁协议并办理好回迁房的房产证。希望这些信息对您有所帮助！