当您在起诉离婚期间发现对方将存款转移时，可以采取以下措施来保护自己的合法权益：

一、紧急申请财产保全

首先，您应立即向法院申请财产保全，请求冻结对方的银行账户及其他可能涉及的财产。这一步至关重要，因为它能够防止对方继续转移或隐匿财产，确保在离婚诉讼过程中财产不被非法处置。在申请财产保全时，您需要提供相关证据，如银行流水、转账记录等，以证明对方存在转移财产的行为。

二、收集并固定证据

接下来，您要尽可能全面地收集对方转移存款的证据。这些证据包括但不限于银行交易记录、转账凭证、对方账户信息以及任何能够证明对方恶意转移财产的其他材料。收集证据时，请确保证据的真实性和合法性，并妥善保存，以便在后续的诉讼过程中使用。

三、向法院如实申报财产

在离婚诉讼中，您需要向法院如实申报夫妻共同财产的情况，包括已经转移和尚未转移的财产。这一步骤有助于法院全面了解夫妻双方的财产状况，确保财产分割的公平性和合理性。

四、依法主张权益

在离婚诉讼过程中，您可以根据收集到的证据，向法院主张对方因恶意转移财产而应少分或不分财产。法院在审理案件时，会充分考虑财产转移的情况，并依据相关法律规定作出公正的裁决。

五、注意诉讼时效

需要特别注意的是，离婚后如果您才发现对方在离婚时有转移存款的行为，您仍然有权向人民法院提起诉讼，请求再次分割夫妻共同财产。但此时您需要提供充分的证据来支持您的主张，并且要注意诉讼时效的限制。根据法律规定，离婚财产分割的诉讼时效一般为三年，从您知晓或应当知晓对方转移财产之日起计算。

综上所述，面对对方在起诉离婚期间转移存款的情况，您应保持冷静并采取积极的应对措施。通过申请财产保全、收集证据、如实申报财产以及依法主张权益等方式，您可以有效地保护自己的合法权益并确保财产分割的公平性。