针对您提出的“醉驾检查院不起诉有案底吗怎么办”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确“案底”的含义。案底，通常指的是犯罪记录，即某人因犯罪行为被人民法院依法判决有罪后所留下的档案记录。这些记录由公安部门与相关国家机关保存。
对于醉驾案件，若检察院决定不起诉，那么根据《刑事诉讼法》的相关规定，当事人将不会留下刑事案底记录。这是因为不起诉的法律含义即代表着对该人追究刑事责任的放弃，从而表现为无罪定论。具体来说，不起诉分为法定不起诉、酌定不起诉和证据不足不起诉三种情况，无论哪种情况，只要检察院作出不起诉决定，就意味着当事人未被法院判定有罪，因此不会留下案底。
然而，虽然醉驾不起诉不会留下案底，但并不意味着没有其他后果。醉驾本身是违反《道路交通安全法》的行为，即使不构成刑事犯罪被不起诉，行为人仍可能面临以下后果：
行政处罚：行为人可能面临吊销驾驶证、罚款等行政处罚。这些行政处罚记录会在公安机关留存，对行为人的未来驾驶资格和信用评估可能产生一定影响。
个人信用和交通违法记录：醉驾行为会被记录在个人的交通违法记录中，这可能影响个人的信用评级。在申请贷款、信用卡或其他需要信用评估的业务时，该记录可能被作为参考因素。同时，在就业、特殊行业从业资格审查等方面，该记录也可能带来潜在的不利影响。
后续风险：虽然当前作出了不起诉决定，但如果后续发现新的证据或情况变化，人民检察院仍有权重新启动刑事追诉程序。
因此，即使醉驾未被起诉，行为人也应时刻保持警惕，遵守交通法规，避免再次涉嫌违法犯罪。同时，对于已经面临的行政处罚和个人信用影响，行为人应积极配合处理，尽量减轻不良后果。
综上所述，醉驾检查院不起诉一般不会留下案底，但行为人仍需承担其他后果。驾驶人应严格遵守交通法规，杜绝醉驾行为，确保自身和他人的安全。