当非机动车在交通事故中被认定为主要责任方时，其赔付机动车的损失主要遵循以下流程和原则：
一、赔偿责任划分
主次责任赔偿原则：
- 根据事故责任认定书，非机动车主责通常意味着需承担60%-90%的赔偿责任（具体比例由事故处理机关或交警部门根据事故情况确定），机动车次责则承担剩余比例。
- 在交强险范畴内，非机动车的交强险首先赔付机动车的损失，财产损失赔偿限额通常为2000元。超出交强险限额的部分，按照责任比例分担。
保险优先赔付机制：
- 机动车的交强险在责任限额内先行赔付非机动车（或其他受损方）的损失。
- 非机动车若投保了相关商业保险（如意外险），也可同步申请理赔以减轻个人负担。
二、赔付流程
交强险赔付：
- 机动车损失首先由非机动车的交强险在财产损失赔偿限额内进行赔付。
超出交强险部分的赔付：
- 超出交强险限额的部分，按照非机动车与机动车的责任比例进行分担。
- 举例：若机动车损失为10000元，交强险赔付2000元后，剩余8000元。若非机动车主责比例为70%，则非机动车方需承担5600元（8000×70%），机动车方自行承担2400元（8000×30%）。
其他损失赔付：
- 若机动车车主因车辆受损无法正常使用而产生的替代性交通工具费用，或机动车在事故中有人员受伤产生的合理医疗费用等，非机动车主也需按责任比例进行赔付。
三、赔付注意事项
保留证据材料：
- 事故发生后，非机动车主应留存事故现场照片、医疗票据原件、收入证明等关键证据，以便后续索赔。
及时报案处理：
- 事故发生后应立即报警并通知保险公司，以便及时进行责任认定和理赔处理。超过法定时效可能影响责任认定结果和理赔进程。
协商与诉讼选择：
- 建议双方通过交警调解达成书面协议。若协商未果，非机动车主需在诉讼时效内（通常为三年内）提起诉讼以维护自身权益。
特殊情形应对：
- 若非机动车存在酒驾、逆行等违法行为，可能面临行政处罚甚至刑事责任。同时，这些行为也可能影响赔偿责任的比例划分。
- 若机动车存在超速等过错行为，非机动车主可主张减轻自身的赔偿责任。
综上所述，非机动车主责时赔付机动车的流程涉及赔偿责任划分、交强险赔付、超出交强险部分的赔付以及其他损失的赔付等多个方面。在赔付过程中，非机动车主应注意保留证据材料、及时报案处理，并根据实际情况选择协商或诉讼方式解决纠纷。