一般来说，农业银行房贷逾期一天后，第二天系统会自动进行扣款。但具体扣款情况可能会受到多种因素的影响，以下是对此问题的详细分析：

1. 自动扣款机制：

   • 农业银行通常设有自动扣款系统，用于定期从借款人的账户中扣除房贷还款金额。
   • 当借款人逾期未还款时，系统通常会在下一个扣款日或约定的补扣日自动尝试再次扣款。

2. 逾期影响与通知：

   • 房贷逾期一天，虽然系统会自动扣款，但借款人可能会因此产生逾期记录，并可能需要支付一定的逾期利息或滞纳金。
   • 银行通常会通过短信、电话或邮件等方式通知借款人关于逾期的情况，以及需要采取的补救措施。

3. 特殊情况处理：

   • 如果借款人的账户余额不足，导致第二天系统无法成功扣款，那么借款人需要尽快补足余额，并主动联系银行进行手动还款，以避免进一步的逾期和罚息。
   • 在某些特殊情况下，如银行系统故障或节假日等，自动扣款可能会延迟或暂停，借款人需要关注银行的通知和账户动态。

4. 建议与提醒：

   • 借款人应确保账户中有足够的余额用于房贷还款，以避免逾期和产生不必要的费用。
   • 如果出现逾期或无法自动扣款的情况，借款人应及时与银行沟通，了解具体的还款方式和补救措施。

综上所述，农业银行房贷逾期一天后，第二天系统会自动进行扣款，但借款人仍需关注账户动态和银行的通知，确保还款顺利进行。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。