夫妻可以分别担任两个不同企业的法人代表。在法律层面，并没有明确禁止夫妻双方分别担任不同公司的法定代表人。实际上，在家族企业或夫妻共同创业的背景下，夫妻双方各自管理并代表不同的公司，是法律所允许的。

然而，值得注意的是，虽然法律允许夫妻分别担任不同公司的法人代表，但在实际操作中仍需考虑公司治理、商业运营及潜在的法律风险。例如，夫妻间可能存在的私人关系可能会对公司决策产生影响，因此在决策过程中需要确保独立监督和制衡机制的有效性。同时，在面临利益冲突时，也需确保决策能够完全基于公司利益最大化，避免因私人关系而损害公司利益。

此外，还需要明确“法人代表”与“法定代表人”的区别。法人代表是一个更宽泛的概念，指的是根据法人的内部规定或由法定代表人授权，对外依法行使民事权利和义务的人。而法定代表人则是依法登记注册，唯一代表法人行使职权的个人。在一个公司中，只能有一个法定代表人，他/她负责全面代表公司，并承担相应的法律责任。

综上所述，夫妻在不同公司中分别担任法定代表人是合法的，但在实际操作中需谨慎考虑公司治理结构、商业运营的实际情况以及潜在的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。