关于你提到的“妈妈车祸死亡的赔偿金和舅舅有没有关系，以及协议该怎么办”的问题，我可以给你以下明确的解答和建议：

首先，关于赔偿金与舅舅的关系：

1. 赔偿金性质：死亡赔偿金主要是对死者近亲属因死者离世而致使生活资源减少和丧失的一种补偿，它并非遗产范畴。
2. 法定分配主体：通常来讲，母亲的死亡赔偿金由其配偶、子女以及父母等近亲属共同享有。舅舅并非法定的分配主体，因此他没有权利直接去索要这笔赔偿金。
3. 特殊情况：然而，如果母亲在生前留下了遗嘱，明确将部分或者全部的死亡赔偿金指定给舅舅，那么舅舅就可以依据这份遗嘱来主张自己的权利。

其次，关于协议的处理：

1. 协商解决：如果在赔偿金的分配过程中出现了争议，首先建议通过协商的方式来解决。各方可以坐下来，平心静气地讨论如何分配这笔赔偿金，以达到一个大家都能接受的结果。
2. 法律途径：如果协商无法达成一致，或者存在其他复杂的法律纠纷，那么可以向法院提起诉讼。法院会根据具体的情况进行判定和分配，以确保各方的合法权益都能得到妥善的处理。

综上所述，你舅舅通常没有权利直接索要你母亲的死亡赔偿金，除非有遗嘱指定。在分配赔偿金时，建议首先通过协商来解决争议；如果协商不成，再考虑通过法律途径来维护各方的合法权益。如果你在这个过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。