关于您提出的社会组织成立时有业务主管单位，之后是否可以变更为直接登记的问题，这主要取决于您所在地区的具体政策规定以及社会组织的类型。以下是对这一问题的详细解答：
一、政策背景与依据
全国性规定：根据《社会团体登记管理条例》等相关法规，社会团体的登记事项需要变更时，应经过业务主管单位的审查同意，并向登记管理机关申请变更登记。这意味着，在一般情况下，社会团体变更业务主管单位或登记方式需要遵循一定的程序和规定。
地方性政策差异：不同地区可能根据当地实际情况，对社会组织的管理和登记制度有所调整。例如，您提到的北京市民政局系统已经允许某些类型的社会组织依法直接登记，无需业务主管单位。这反映了政策在不同地区的灵活性和差异性。
二、直接登记的可能性
符合特定条件的社会组织：如上述深圳市民政局的答复所示，某些类型的社会组织，如行业协会商会类、科技类、公益慈善类、城乡社区服务类社会组织，在满足一定条件下，可能可以直接向民政部门申请登记，而无需业务主管单位。这些条件通常包括社会组织的性质、活动范围、服务对象等。
政策发展趋势：从政策发展趋势来看，随着社会组织管理制度的改革和深化，越来越多的社会组织可能将有机会享受直接登记的便利。然而，这仍然需要依据当地民政部门的具体政策和规定来确定。
三、操作建议
了解当地政策：首先，建议您详细了解所在地区关于社会组织登记和管理的相关政策规定，特别是关于直接登记的条件和程序。
咨询民政部门：如果您认为您的社会组织符合直接登记的条件，可以向当地民政部门咨询并申请直接登记。在申请过程中，您需要准备相关的申请材料，并按照民政部门的要求进行填报和提交。
遵循程序规定：无论您的社会组织是否可以直接登记，都需要遵循相关的程序规定。如果变更登记事项，应确保经过业务主管单位的审查同意，并及时向登记管理机关申请变更登记。
综上所述，社会组织成立时有业务主管单位之后是否可以变更为直接登记，这取决于您所在地区的具体政策规定以及社会组织的类型。建议您在了解当地政策的基础上，咨询民政部门并遵循相关程序规定进行操作。