公司拥有两个公章，并非都能起到法律效力，其合法性取决于公章的具体使用情况及是否符合相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：
公章的唯一性与合法性：
- 根据《国务院关于国家行政机关和企业事业单位社会团体印章管理的规定》等相关法规，企业事业单位的印章具有唯一性和权威性，代表单位意志，且需到公安机关指定的刻章单位刻制，并在公安机关进行备案。因此，公司公章作为对外进行意思表示的法定凭证，原则上只能有一个经过合法备案的公章，以保证交易安全和市场秩序。
特殊情况下的多个公章：
- 在特定情况下，如公司因业务需要而拥有合同专用章、财务专用章等，这些印章也需要在相关部门进行备案，并且在规定的范围内使用才具有法律效力。这些特殊印章并不等同于公司公章，但它们在公司内部管理和业务操作中发挥着重要作用。
- 若因公章损坏等原因需要重新刻制新公章，在旧公章按规定封存或销毁之前，可能短时间内会同时存在新旧两个公章。但这种情况必须遵循严格的程序和规定，确保新旧公章的交替使用不会引发法律纠纷。
法律风险与使用规范：
- 若公司未经合法备案程序私自刻制并使用第二个公章，将属于违法行为，可能会面临公安机关的行政处罚，并在合同签订、文件签署等场景下引发合同效力的争议，给交易相对方带来困惑和风险，也容易引发纠纷。
- 为了避免潜在的法律风险，公司应确保所有使用的公章都已经过合法的备案程序，并在使用过程中严格遵守相关法律法规和公司内部规定。同时，公司应建立完善的公章管理制度，明确公章的使用范围、权限和责任，确保公章的安全、合规使用。
综上所述，公司拥有两个公章并不意味着它们都能起到法律效力。公司应谨慎管理公章，确保合法合规使用，以避免潜在的法律风险。如有任何疑问或担忧，请直接向我咨询，我将为您提供专业的法律意见和指导。