当员工因第三方事故意外受伤时，关于工资的支付问题，主要遵循以下原则：

首先，根据相关法律法规，职工因工作遭受事故伤害（无论是否由第三方造成）需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，其原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这包括基本工资等原有福利待遇，确保员工在经济上得到应有的保障。

其次，虽然工资由用人单位支付，但若事故是由第三方造成的，用人单位在支付工资后，有权依法向第三方进行追偿。这意味着，用人单位并非最终承担工资支付责任的主体，而是先行垫付，随后通过法律途径向责任方追讨。

再者，如果用人单位未依法支付受伤员工停工留薪期的工资，员工有权向当地的劳动行政部门进行投诉，要求用人单位履行其支付义务。

另外，值得注意的是，如果第三方侵权导致工伤，劳动者还可以依据《民法典》等法律法规向侵权第三方主张民事赔偿。在这种情况下，如果民事赔偿项目中包含了因误工减少的收入（这相当于停工留薪期的工资），为了避免劳动者获得双重赔偿，实践中可能会进行相应的抵扣。

综上所述，当员工因第三方事故意外受伤时，其停工留薪期的工资首先由用人单位负责支付。用人单位在支付后，可依法向第三方追偿。同时，劳动者也有权向第三方主张民事赔偿，但在获得赔偿时需注意可能存在的抵扣情况。如果用人单位未依法支付工资，劳动者可以向劳动行政部门投诉以维护自己的合法权益。