关于“三方协议申请作废后是否还有效”的问题，不能一概而论，需根据具体情况进行综合判断。以下是我的详细分析：
结论前置：三方协议申请作废后，其效力并非自动终止，而是取决于多个因素的综合考量，包括协议本身的效力、作废申请的处理方式以及相关法律法规的规定。
协议本身的效力：
- 三方协议，作为明确各方权利义务的民事合同，一旦成立并生效，即具有法律约束力。
- 若协议内容合法、各方意思表示真实，且均具备签订协议的民事行为能力，则协议有效。
作废申请的处理方式：
- 若三方均同意作废协议，并明确表达了这一意愿，且按照协议约定的方式或法律法规规定的方式进行了作废处理（如签署作废声明、通知相关方等），则协议可能因各方的一致同意而失效。
- 若只是单方提出作废申请，而未经其他方同意，或未按照协议约定的方式或法律法规规定的方式进行作废处理，则协议仍然有效，各方仍需按约履行义务。
相关法律法规的规定：
- 在处理三方协议相关问题时，必须遵循相关法律法规的规定。
- 若法律法规对协议的作废有特别规定，如需要办理特定手续或满足特定条件，则必须按照这些规定执行。
综上所述：
- 三方协议申请作废后，其效力并非自动终止。
- 若协议本身合法有效，且作废申请未经各方一致同意或未按照协议约定或法律法规规定的方式进行，则协议仍然有效。
- 因此，在处理三方协议作废问题时，应谨慎行事，确保各方权益得到充分保障。
法律建议：
- 在签订三方协议时，应明确约定协议的作废方式及条件。
- 若需要作废协议，应与其他方充分沟通并协商一致，确保按照协议约定或法律法规规定的方式进行作废处理。
- 在协议履行过程中，应保留相关证据，以防不时之需。
如有任何关于三方协议或其他法律问题的疑问，欢迎随时向我咨询。