工厂占用农民耕地时，赔偿问题是一个核心关注点，它涉及多个方面，包括赔偿标准、赔偿项目以及征收手续等。以下是对这一问题的详细解答：
一、赔偿标准
工厂占用耕地的赔偿标准主要是依据该地被征收前三年平均年产值的六至十倍来计算。这一标准并非固定，而是会根据当地的具体情况，如土地类型、产值、地理位置等因素进行综合考虑，以确保农民因土地被征收而遭受的经济损失能够得到合理的补偿。
二、赔偿项目
工厂占用耕地的赔偿项目通常包括以下几个方面：
土地补偿费：这是最基本的补偿项目，计算方式一般为该耕地被征收前三年平均年产值的六至十倍。
安置补助费：该费用旨在帮助农民解决因土地被征收后的生活安置问题，按照需要安置的农业人口数计算，每人标准是前三年平均年产值的4-6倍，但每公顷被征收耕地的安置补助费有最高限额，不超过前三年平均年产值的15倍。
青苗补偿费：对于被征收土地上的农作物，会根据其生长阶段和产值给予相应的补偿，具体标准由省级规定。
其他附着物补偿费：这包括迁移铁路、公路、高压电线等基础设施的费用，以及农田水利设施、水井、人工鱼塘等附着物的补偿或迁移费，具体标准同样由省级规定。
三、征收手续
工厂征收耕地需要遵循一系列严格的手续，以确保征收过程的合法性和公正性。这些手续主要包括：
发布征地公告：将征地信息通过公告栏等方式对全体村民进行公示，确保村民的知情权。
实地调查和风险评估：对拟征收土地进行详细的实地调查，评估征收可能带来的风险和影响。
组织征地听证会：邀请村民代表和相关专家参加听证会，听取各方意见，确保征收决策的民主性和科学性。
拟制征地方案并报批：根据听证会结果和相关法律法规，拟制征地方案并报有关部门批准。
发布征收公告并进行补偿登记：征收方案获得批准后，发布正式的征收公告，并对村民的补偿情况进行登记。
签订征地补偿协议或作出补偿安置决定：与村民协商并签订征地补偿协议或作出补偿安置决定，明确补偿金额、方式和时间等。
落实征地补偿安置费用：按照协议或决定的要求，及时足额地支付征地补偿安置费用给村民。
四、注意事项
在整个征收过程中，必须严格遵守相关法律法规和程序要求，确保农民的合法权益得到充分保障。如果工厂未经合法审批非法占用耕地，农民可以向自然资源主管部门举报，要求企业退还土地、恢复原状并赔偿损失。
综上所述，工厂占用农民耕地的赔偿问题涉及多个方面，包括赔偿标准、赔偿项目以及征收手续等。在处理这一问题时，应严格遵守相关法律法规和程序要求，确保农民的合法权益得到充分保障。