村书记作为村干部，对于管理被占的土地，应该遵循一系列明确的步骤和原则来确保土地的合法、合规使用，并保护村民的合法权益。以下是一些建议：
一、明确土地权属
首先，村书记需要通过土地确权工作，明确土地的权属情况。这包括了解并掌握本村土地的实际情况，如土地的位置、面积、用途以及权属人等。这是后续土地管理工作的基础，也是处理被占土地问题的前提。
二、严格执行法律法规
在处理被占土地问题时，村书记应严格执行《中华人民共和国土地管理法》、《中华人民共和国农村土地承包法》等相关法律法规。对于任何非法占用土地的行为，都应依法予以制止和处罚。
三、加强市场监管与审批流程
村书记应加强对土地市场的监管，防止非法转让、占用土地等行为的发生。在土地审批过程中，要严格遵守审批流程，确保土地的合法合规使用。对于未经批准擅自占用土地的行为，应及时上报并协助相关部门进行处理。
四、积极宣传与教育
村书记还应积极宣传土地管理法规，提升村民的土地管理意识。通过宣传教育，让村民了解土地的重要性以及非法占用土地的法律后果，从而增强村民的守法意识。
五、采取具体管理措施
调查了解：对于被占土地的情况，村书记应组织人员进行详细调查，了解占地的具体原因、占用面积以及占用者的身份等信息。
协商沟通：在了解清楚情况后，村书记应尝试与占用者进行协商沟通，要求其停止占用行为并恢复土地原状。如果占用者愿意配合，可以签订相关协议并确保其履行。
上报处理：如果协商无果或占用行为严重违反法律法规，村书记应及时上报乡镇人民政府或国土资源管理部门，请求其进行调查处理。
跟踪监督：对于处理结果，村书记应进行跟踪监督，确保占用行为得到彻底制止，土地得到恢复和利用。
六、加强防灾能力与执法监察
最后，村书记还应关注土地的防灾能力建设，提升农村土地预防灾害的能力。同时，要加强土地管理的执法监察工作，接受群众监督举报，并与相关部门密切配合，形成合力，共同打击违法用地行为。
综上所述，村书记在管理被占土地时，应明确权属、严格执行法律法规、加强市场监管与审批流程、积极宣传与教育、采取具体管理措施以及加强防灾能力与执法监察。通过这些措施的实施，可以有效保护村民的合法权益，确保土地的合法合规使用。