关于司法实践中政府房屋征收协议的起诉期限，以下是我根据您的咨询需求整理的详细解答：

结论前置：房屋征收协议的起诉期限一般为六个月，但具体计算方式可能因是否经过行政复议、是否知晓起诉期限及是否存在特殊情况等因素而有所不同。

详细分析：

1. 直接提起行政诉讼的期限：

   • 根据《行政诉讼法》第四十六条，如果您对房屋征收协议不服，直接向人民法院提起诉讼，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。这是房屋征收协议诉讼的一般起诉期限。

2. 经过行政复议后再起诉的期限：

   • 如果您先申请了行政复议，对复议决定不服，那么您应在收到复议决定书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
   • 如果复议机关逾期不作决定，您可以在复议期满之日起十五日内向法院提起诉讼。

3. 特殊情况的起诉期限延长：

   • 如果因不可抗力或其他不属于您自身原因耽误了起诉期限，被耽误的时间不计入起诉期限内。
   • 对于其他特殊情况导致的起诉延误，您在障碍消除后十日内可以申请延长期限，是否准许由人民法院决定。

4. 最长保护期限：

   • 对于因不动产（如房屋）提起的诉讼，自行政行为作出之日起超过二十年，人民法院不予受理。这意味着，即使您长时间未知悉行政行为，也需在二十年内提起诉讼，否则将丧失诉权。

5. 行政机关未告知起诉期限的特殊处理：

   • 如果房屋征收协议未告知您申请行政复议、提起诉讼的权利和期限，您应在知道或应当知道协议内容之日起一年内申请行政复议或提起诉讼。

实例说明： 假设您的房屋被纳入征收范围，政府作出了房屋征收协议，但您认为该协议不合法或不合理。在这种情况下，您应自知道或应当知道该协议内容之日起六个月内向人民法院提起诉讼。如果您先申请了行政复议，对复议决定不服，则应在收到复议决定书之日起十五日内提起诉讼。

综上所述，房屋征收协议的起诉期限是一个复杂而重要的法律问题。您应充分了解并遵守相关法律法规，以确保在合法期限内行使诉权。如果您在具体操作中遇到任何疑问或困难，可以直接向我咨询，我将为您提供专业的法律意见和指导。