在合同中约定应盖合同专用章但实际盖了公章的情况下，我们首先要明确一点：合同专用章和公章在法律效力上通常并无本质区别，都是公司意思表示的体现。因此，这样的盖章行为一般不会导致合同无效。下面我将从几个方面详细分析这个问题：

1. 法律效力：

   • 合同专用章和公章都是公司合法有效的印章，用于表明公司对合同内容的确认和承诺。
   • 在实践中，法院通常会认可盖有公章的合同效力，除非有证据证明盖章行为存在欺诈、胁迫等违法情形。

2. 合同约定与实际盖章的差异：

   • 虽然合同中约定了应盖合同专用章，但实际盖了公章，这属于合同履行中的细微瑕疵。
   • 这种瑕疵一般不会影响合同的成立和生效，除非合同中有特别约定，如“必须盖合同专用章否则合同无效”。

3. 可能的风险与应对：

   • 如果对方以此为由主张合同无效或提出其他异议，建议首先通过友好协商解决。
   • 协商不成时，可以依据相关法律法规和合同条款，通过法律途径维护自身权益。
   • 在未来签订合同时，建议更加严谨地审查合同内容，确保盖章行为符合合同约定。

4. 法律建议：

   • 对于已经盖章的合同，如果双方对合同效力无异议，可以正常履行合同义务。
   • 如果担心可能存在的法律风险，可以咨询专业律师（如我）进行进一步的法律分析和风险评估。

综上所述，合同约定盖合同专用章但实际盖了公章，一般不会导致合同无效。但为了避免可能的纠纷和风险，建议在未来的合同签订和履行过程中更加严谨和细致。如果你还有其他法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。