关于委托代建在税务上的规定和文件依据，我为您整理了以下信息：

首先，关于代建房是否需要缴纳土地增值税的问题，根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》（国务院令第138号）第二条的规定，转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人。然而，在房地产企业代建房的情况下，由于并没有发生产权转移，因此不需要缴纳土地增值税。这一点在江苏省12366中心的答复中也得到了确认。

其次，关于委托代建中的款项支付和发票开具问题，根据《中华人民共和国发票管理办法》（国函〔1993〕174号）文件第十八条的规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项时，收款方应当向付款方开具发票。此外，根据《国家税务总局关于进一步明确营改增有关征管问题的公告》（国家税务总局公告2017年第11号）的规定，如果建筑企业与发包方签订建筑合同后，以内部授权或者三方协议等方式，授权集团内其他纳税人（即第三方）为发包方提供建筑服务，并由第三方直接与发包方结算工程款的，那么应由第三方缴纳增值税并向发包方开具增值税发票，而与发包方签订建筑合同的建筑企业则不缴纳增值税。

在实际操作中，这意味着如果您的公司（委托方）与A公司（代建方）签订了代建合同，并且代建方又委托其分公司或子公司进行施工并签订了施工合同，那么款项的支付和发票的开具应根据实际提供服务的一方来确定。如果款项是直接支付给代建方的分公司或子公司，并且是由他们实际提供了建筑服务，那么应由他们开具发票给您的公司。同时，为了确保税务处理的合规性，建议您公司留存相关资料以证明资金的流向和服务的实际提供者。

综上所述，委托代建在税务上的处理需要根据具体的业务情况和相关法规来确定。希望以上信息能对您有所帮助，如有进一步的问题或需要更详细的解答，请随时咨询相关税务机关或专业人士。