不正规的手机店拍别人手持身份证照片是不合法的。

首先，从隐私权的角度来看，身份证是个人的重要身份证件，包含了个人的私密信息，如姓名、身份证号码、照片等。不正规的手机店在未经他人同意的情况下，拍摄并留存他人的手持身份证照片，构成了对他人隐私权的侵犯。这种行为违反了《中华人民共和国民法典》中关于隐私权保护的相关规定。

其次，从信息安全的角度来看，不正规的手机店可能无法确保拍摄的手持身份证照片的安全存储和保密。这些照片一旦泄露或被不法分子利用，可能会导致个人信息被滥用，甚至引发身份盗用、诈骗等严重后果。因此，这种行为也违反了信息安全的相关法律法规。

综上所述，不正规的手机店拍别人手持身份证照片是不合法的，既侵犯了他人的隐私权，又可能危及信息安全。如果遇到这种情况，建议立即向相关部门举报，以维护自己的合法权益。同时，也提醒广大市民在办理相关业务时，应选择正规、合法的机构，并注意保护自己的个人信息。