母女同时怀孕且亲子鉴定关系不一样，说明其中至少有一人的亲子关系存在问题。针对这种情况，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 亲子鉴定的法律效力

1. 亲子鉴定的准确性：亲子鉴定是通过科学的方法，如DNA检测，来确定两个人之间是否存在亲子关系。其准确性非常高，几乎可以达到99.9%以上。
2. 法律上的认可：亲子鉴定结果在法律上具有明确的效力，可以作为认定亲子关系的依据。

二. 母女同时怀孕且亲子鉴定关系不一样的可能情况

1. 其中一人非亲生：如果母女两人同时怀孕，但亲子鉴定结果显示关系不一样，那么很可能其中一人与所称的“父亲”没有亲子关系。例如，母亲可能怀的是A的孩子，而女儿怀的是B的孩子。
2. 样本错误或鉴定失误：虽然这种情况极为罕见，但也不能完全排除。如果怀疑鉴定结果，可以申请重新鉴定。

三. 法律后果及建议

1. 确认亲子关系：首先，需要确认哪一份亲子鉴定是正确的，或者是否存在其他因素影响了鉴定结果。如果确实存在亲子关系问题，那么需要进一步处理。
2. 法律权益：如果其中一人并非亲生，那么其可能涉及的财产继承、抚养权等法律问题都需要重新考虑。例如，非亲生的孩子可能无法继承亲生父母的财产。
3. 我的建议：在这种情况下，我建议首先与所有相关当事人进行坦诚的沟通，了解事情的真实情况。然后，根据亲子鉴定的结果和法律规定，妥善处理后续事宜。如果涉及复杂的法律问题，可以寻求专业律师的帮助。

综上所述，母女同时怀孕且亲子鉴定关系不一样，很可能说明其中存在亲子关系的问题。需要仔细核实情况，并根据法律规定妥善处理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。